شهید حسن باقری در ۲۸ ماه عمر خود در جنگ تحمیلی، از اول مهر ۱۳۵۹ و ورود به خوزستان تا نهم بهمن ۱۳۶۱ روز شهادتش در فکه، علاوه بر طراحی و اجرای عملیات مهم، با شناخت دقیق از دشمن و تسلطی که بر منطقه جغرافیایی جنگ و تغییرات حاصل از آن داشت، به تشکیل اطلاعات عملیات اهتمام ورزید و سپس با تسلط بر جبهه خودی و دشمن و تغییرات لحظه به لحظه آن، در تشکیل سازمان رزم، کادرسازی و تربیت فرماندهان تأثیرگذار و کارآمد نقش اساسی داشت.

کتاب یادداشت شهید حسن باقری در برگیرنده دست نوشته ها و یادداشت های روزانه این شهید از سال۱۳۵۷ تا ۱۳۶۱ است که توسط موسسه شهید حسن باقری به چاپ رسیده است. شهید باقری در روز نهم بهمن سال ۶۱ به همراه چند تن از رزمندگان به منظور شناسایی آغاز عملیات والفجر مقدماتی به همراه شهید مجید بقایی فرمانده قرارگاه کربلا بر اثر اصابت خمپاره به فیض شهادت نائل  شدند.

در این کتاب آمده است سرلشکر غلامعلی رشید در صفحه مربوط به روز نهم بهمن سال۶۱ دفتر یادداشت شهید باقری نوشته است:

« صبح ساعت ۱۰ به شناسایی می‌رود (صاحب دفتر را می‌گویم، حسن باقری عزیز را) به همراه برادر مجید بقایی و برادر مجتبی مؤمنیان و توکل قلاوند و محمدتقی رضوی و مرتضی صفاری و محمد باقری (برادرش) به منطقه فکه می‌رود. سمت راست جاده آسفالته و در یک سنگر دیده‌بانی، چهار، پنج کیلومتری دشمن شروع می‌کنند به شناسایی اتفاقات حمرین و فوقی و…

ساعت ۱۲ ظهر است… صدای قاری قرآن به گوش می‌رسد… و گرم شناسایی هستند. حسن باقری، محمد باقری را صدا می‌زند و می‌گوید برو بیرون از آن سرباز بپرس مختصات این جا چند است… و محمد باقری بیرون می‌رود و خدا انتخاب می‌کند… که کرده است. منتها در این لحظه، گل رسیده بود… و آماده چیدن بود… و صفیر یک گلوله توپ نزدیک شد… و نزدیک‌تر… و درست در سنگر هدایت شد و منفجر شد…

سه تن بلافاصله شهید شدند؛ مجتبی مؤمنیان، توکل قلاوند، محمدتقی رضوانی و برادر مرتضی صفار زخمی شد و اجر شهید را خداوند نصیبش کرد و مجید بقایی بعد از شهادتین، او نیز شهید شد و یک فرمانده دو پایش قطع شد. او مجید بقایی بود. و اما حسن باقری ، صاحب دفتر، موجب شدید انفجار او را بیهوش کرد… و ناله می‌کرد… یا حسین… یا مهدی… یا الله… دو و نیم ساعت بعد رفت پیش خداد و رستگار شد و راحت… و دفتر زندگی‌اش در ساعت سه و نیم بعدازظهر روز ۹ بهمن ۱۳۶۱ و ۱۴ ربیع‌الثانی ۱۴۰۳ از این دنیای پر از بلا و فتنه و رنگ و ریا بسته شد. خوش به حالش…

حسن باقری نیز به وصف شهدا پیوست. او که مثل تمام موجودات دنیای فانی باید می‌رفت، رفت اما به بهترین شکل مرگ از دنیا رفت و عزت پیدا کرد و پا به آخرت گذاشت. در حالی که بهترین رتبه و درجه و مقام را به خود اختصاص داد… و بهترین نعمت‌ها و برکات آخرت را نصبب خودش کرد… تمام نعمت‌هایی که خداوند در آخرت در بهشت خودش به شهید وعده داده است…

شهادت عجب نعمت بزرگ و درجه والایی است، وقتی بناست که تمام آدمیان «مرگ» را بچشند.»